Pergunta importante, pois sempre existe o medo de fazer uma escolha errada, mas atualmente acredito que isso não faça mais tanta diferença como fazia antigamente, pois cada vez mais todas as plataformas estão se habilitando em todas as frentes, ainda mais se considerarmos que também cada vez mais serão disponibilizadas plataformas boas para "programar na nuvem" (usando o seu navegador).

De qualquer forma, eu penso que se você comprar o Notebook com Linux e se arrepender, você consegue fazer a compra da licença do Windows separadamente.