Excelente projeto! Mandou ver. Minha sugestão para mitigar os problemas de segurança é usar um ambiente sandbox. Já viu aqueles projetos que rodam NodeJS direto do navegador? Ou seja, sem precisar de um servidor?

Isso pode ser uma alternativa, pois o projeto rodaria diretamente na maquina do cliente e assim, diminuiria os riscos de dano.

Veja um video da Rocketseat:
https://www.youtube.com/watch?v=P3Yh5ifTYPQ

Boa sorte com o projeto!