Como devo salvar na Base de Dados ?
Depende muito dos dados do tipo de dado que você está obtendo. Por ex: digamos que você queira pegar os itens da Amazon e Mercado Livre. Algumas propriedades você terá em comum entre os dois sites como por exemplo nome do produto, preço e descrição, no entanto, você talvez queira salvar a reputação do vendedor no Mercado Livre pois isso geralmente indica o quão confiável é aquele anúncio e as informações ali apresentadas.

Cada Loja devera ter sua Tabela?
Depende da sua regra de negócios. Se os dados que você precisa podem ser encontrados com facilidade em todos os sites que você escaneia então você pode ter uma tabela única. Se não, talvez queira salvar em tabelas diferentes e aplicar sua lógica de negócios depois.

Como vou comparar os valores depois, pois os id dos itens de cada loja/site e totalmente diferente, sera que vou ter que ir pela descrição?
Você não pode ter uma coluna no seu banco de dados especificando o site que você pegou o item? Aqui eu uso vendor.

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