vou expor a dificuldade que eu tive ao fazer algo semelhante. estou criando um projeto que usa um DB postgreSQL, porem criei tabelas que salvam dados em uma coluna json, assim tenho a liberdade de mudar estrutura dos dados com mais liberdade
POREM....
dependendo da complexidade do json, isso cria algumas dificuldades a mais no projeto.
a maior dificuldade que enfrento é na hora de lidar com o json dentro das funçoes e "garantir" que ele vai estar correto e com as chaves:valores em seus devidos lugares.
dependendo da logica voce pode acabar reescrevendo o json sem querer com chaves e valores diferentes ou em posiçoes incorretas, então voce acaba precisando criar funções de "sanitização" do json pra evitar esses problemas.

outro problema é que vc fica sem parte das funcionalidades de query SQL que os DBs relacionais fornecem.

comecei fazendo uso e json mas em alguns casos to repensando isso e planejando usar tabelas comuns com os dados fixos mesmo

json é otimo quando vc ta criando o projeto e nao quer ter que ficar mudando o db a cada nova ideia, mas pode se tornar tao complexo que vai prejudicar a forma como voce lida com os dados.