Como empresário eu explico o que pode acontecer: você, ou o outro, foram contratados em momentos diferentes, em que o salario era diferente, e este foi sendo somente atualizado. então acaba tendo uma distinção.

outra hipotese é que em determinado momento o outro pediu um aumento, se mostrou muito eficiente, e o chefe aprovou, mas depois esse cara se igualou a você (ou você se igualou a ele).

Enfim, é uma situação chata. Aqui nós evitamos salários distintos para a mesma função exatamente por causa disso.