Claro que existe.

Sistemas por exemplo de PDV, até podem ser baseados em Web, mas dificilmente vão rodar direto num browser, vão exigir aplicações desktop para diversos fins como comunicação com modulo fiscal, equipamentos de automação. esse é só um exemplo.

Fora que, muitas vezes um sistema escrito nativamente desktop (sem uma WebView) é bem mais rapido e leve, e isso para grandes empresas pode ser o diferencial.