Acho que o principal problema não é a ferramenta em si, mas o mercado.
Em nossa querida bolha Tech, estamos sempre buscando melhorias, resolver problemas e achar novas formas de fazer as coisas. E acho isso é ótimo e nos ajuda a avançarmos e melhorarmos, além de que isso gera competição nas tecnologias existentes.

PORÉM... Quando falamos do mercado, as coisas não são assim, o mercado é lento para mudanças, talvez até mesmo desgostoso. Porque mudar é custo, mudar dificilmente vai trazer lucro. Se o bagulho funciona com o caos do node_modules, e se mudar para Deno não vai trazer uma melhoria clara convertida em dinheiro. Essa mudança é basicamente Dev Experience, e Dev Experience só é interessante para nós, infelizmente.

Em específico para o Deno, acho que esse é o principal problema, o resultado final utilizando Deno ou Node, para a empresa, para os usuários, é o mesmo. E quase toda a estrutura feita hoje é com Node, então, qual o sentido de mudar?