Bom lint não tem muito a ver com containers, normalmente subimos o container para ficar agnóstico do sistema que vai subir, você falou de scripts nesse aspecto normalmente eu acho que o uso do container não era pra ser um grande problema.
Eu não uso nem C e nem vscode mas, uso python em containers, normalmente pra debuggar eu uso o irdb ou o ipdb mesmo ai coloco a linha do break point e uso tranquilo. Acredito que o vscode deva ter algum plugin especifico para usar containers e dando um google rápido aqui achei esse artigo que pode te ajudar.

Como já compilei containers com rust que é uma linguagme compilada normalmente eu só rodo o compilador no container uso o gdb pra debugar e compilo no modo dev.