Esse também é um ponto pra se considerar, manter a versão das tabelas acaba sendo muito útil. Porém, já trabalhei em lugares que havia um app usando alembic (Python) que era o responsável por gerar as tabelas ai a maior parte dos serviços não usava o ORM por que tinha um projeto só pra isso.
Respondendo a "muito o obrigado. E exatamente isso. ...entendo..." dentro da publicação Performance do ORM vs SQL: O que é melhor para seu projeto Node.js?
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Que massa! Eu não conhecia essa solução. Estava analisando agora e percebi que ela resolve todos os meus problemas relacionados à migração de banco. Vou começar a recomendá-la! Apesar de ser mais focado em Node.js, gosto muito de Python e acredito que os dois podem ser usados juntos sem problemas.