TRabalhei nos dois e digo que as duas são muito boas. FASTAPI é muito bom tem suporte nativo a async porém, tu precisa montar tudo, acredito que já existam algumas libs para extender mas, não acho que existem muitas.
Flask é mais antigo tem várias libs para extender no seu projeto, é facil de subir uma arquitetura muito boa, porém não tem suporte a async nativo mas, da pra usar uma classe async com o gunicorn pro projeto rodar async porém suas funções não serão async.