Eu não sei sobre os limites do MySQL, eu provavelmente não vou conseguir construir uma aplicação a ponto de quebrar ele kk (ou pelo menos é o que eu penso, sou um iniciante ainda). Se você encontrar onde leu sobre isso e lembrar coloca aqui por favor. Sobre o "método dos .zips" eu já ouvi falar que era assim que antigamente faziam então de fato você é "raiz" kk. Quanto a fazer o controle de cada linha código adicionada foi só o jeito de falar, o que o Git faz é basicamente o que você já faz manualmente: toda vez que você finaliza o desenvolvimento de uma nova funcionalidade ou corrige um bug por exemplo, você grava uma "snapshot" do seu projeto no banco de dados do Git. É realmente só isso, a questão é que o Git lida de forma muito eficiente com essas "snapshots" fazendo com que você posso retornar a qualquer uma dessas versões do projeto instântaneamente, ou ainda, trabalhar com ramos que são ponteiros que referenciam alguma snapshot do banco de dados. Explicando assim pode soar abstrato a utilidade por isso acredito que assistir esse vídeo aqui do Fabio Akita possa ajudar: https://www.youtube.com/watch?v=6Czd1Yetaac. Outra fonte muito boa é o site oficial do git: https://git-scm.com/book/en/v2

Mas isso é somente caso você tenha interesse, gosto bastante dessa sua abordagem minimalista do desenvolvimento de ir atrás das coisas apenas se necessário. Acho que se está dando certo para você, você deve continuar assim.