O Ryan Dahl fala exatamente disso ao explicar por que decidiu construir o Deno: https://www.youtube.com/watch?v=M3BM9TB-8yA

Duplicações em outros gerenciadores de pacotes são bem comuns. Ter uma base centralizada de pacotes é uma inovação, e pode ser um problema se você tem dois projetos que precisam ter certas versões diferentes de pacotes, e isso não é explícito na resolução global. 

O Pip não trabalha centralizado se você usa um virtualenv, que é a preferência de desenvolvedores para projetos. Ou seja, contempla duplicação de pacotes.

Só acho a raiva justificável se esses pacotes ocupassem gigabytes de espaço, o que pode acontecer apenas em projetos Node.js. Em nenhum outro gerenciador de pacotes a árvore de dependências expande facilmente em milhares de pacotes. 

Hoje em dia 1Gb custa um centavo de dólar. https://www.backblaze.com/blog/hard-drive-cost-per-gigabyte/

O virtualenv tem uma pequena diferença, ele só presta na hora do desenvolvimento do app para isolar as dependencias que serão usadas no requirement.txt, porém se outra pessoa for usar o pip install -r requirements.txt. Os módulos serão instalados apenas 1 vez no Path do sistema

O Ryan Dahl fala exatamente disso ao explicar por que decidiu construir o Deno: https://www.youtube.com/watch?v=M3BM9TB-8yA Duplicações em outros gerenciadores de pacotes são bem comuns....