Eu fiz a seguinte alteração para tentar limitar. Como sou novato, pode ter coisa errada aí que não estou conseguindo identificar.

const messageInterval = 2000;
const lastMessages = {};

async function start(client) {
client.onAnyMessage((message) => {
if (message.from in lastMessages) {
const currentTime = new Date().getTime();
const lastMessageTime = lastMessages[message.from];
if (currentTime - lastMessageTime < messageInterval) {
console.log("Mensagem ignorada por flood")
return;
}
}
lastMessages[message.from] = new Date().getTime();
commands(client, message);
});
}