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Minha dúvida é se numa aplicação de médio a grande porte sofreríamos lentidão com o ato de compilar toda a base de código a cada alteração? Ou não?

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De fato isso pode ser um problema em projetos grandes. Mas graças ao design da linguagem, você não precisa compilar pra testar cada pequena mudança no código! Se sua IDE não mostrar nenhum erro, o código tem altas chances de funcionar na primeira vez que você compilar e executar. É a magia do Rust!

Em Rust, você passa mais tempo programando do que testando possíveis erros imprevisíveis, porque em Rust você consegue prever tudo que seu programa fará.

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Nos testes que eu fiz com Rust senti que ele não compila tudo toda vez, se você não deletar a pasta target do projeto ele só recompila o que mudou desde a última compilação, e geralmente o que demora mais são as dependências. Por isso eu não acho que tempo de compilação seria um problema constante ao trabalhar num prohjeto grande, seria mais perceptível na primeira vez que você ajusta seu ambiente de trabalho (começar trabalhando num projeto grande pré-existente), se adicionar uma nova dependência que seja pesada, ou ainda se for compilar com opções diferentes (optimizações extras ou otimizar para que o executável seja menor).
E sendo justo, seu código vai pasar mais tempo sendo usado do que sendo compilado, então é um investimento razoável.

Mas se tempo de compilação for uma preocupação realmente importante, a melhor linguagem que eu conheço é Go.

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Apesar de go perder em todos os benchmarks onde rust aparece, como você disse o programa vai passar mais tempo sendo executado do que compilando. Criar um código performático acredito ser mais importante que a preocupação com o tempo de compilação e não acho que Rust faça feio quando o assunto é tempo de compilação, acredito ser bastante razoável neste sentido.