Eu comecei num projeto React legado na empresa em que trabalho o qual não seguiu nenhuma boa prática, feito por uma empresa terceirizada, cada componente com mais de 500 linhas e vários components no mesmo arquivo.

O segredo é seguir o que os escoteiros pregam, "sempre deixe o lugar melhor quando sair de quando chegou". Faça pequenas refatorações de nomes de variáveis, reutulização de código. Não tente mudar tudo de uma vez pois provavelmente irá gerar comportamento inesperado. Estudar o código e entender bastante o modelo de negócio ajuda, e ir mudando aos poucos e melhorando aos poucos. Quanto a dificuldade é isso ai, com o tempo vai ganhando know how do código, todos passam por isso.

Sugiro ler os livros do Robert C. Martin (Uncle Bob) e sobre Refatoração do Martin Fowler