Um detalhe importante: programador não pode ser MEI.
Não há atividade compatível com a atividade no que o MEI abrange. O menor porte possível para programadores é o ME. O enquadramento do Simples pode colocar você no anexo 3 ou no anexo 5, onde um você paga 7% de nota e no outro 15%, vai depender do seu faturamento anual.
No CLT você é obrigado a recolher o FGTS, INSS e as vezes sindicatos. No PJ você é obrigado a recolher INSS e a DAS. No PJ acaba saindo "mais barato" o encargo.