Depende da forma que você instalou o programa e de seu ambiente gráfico, se for um binário ou appimage tem de criar seu próprio atalho, se for pelo apt, flatpak ou snap geralmente eles já configuram os atalhos e você poderá adicionar na área de trabalho. Na instalação você configura seu ambiente gráfico, sugiro o gnome que é mais simples, mas nada impede de instalar outros depois ou até um window manager.