Higor, boa tarde.
Passei há pouco tempo por essa dúvida.
Com relação a aprender a programar, não há diferença nos sistemas operacionais.
Claro que no Linux, dependendo do seu conhecimento, será um pouco mais dificil para configurar o ambiente de desenvolvimento. Mas, em contra partida, você acaba aprendendo mais coisas, tendo que se virar com algumas configurações. Sugiro que aprenda a deixar seu ambiente pronto para programar nos 2 mundos, exemplo, linux e windows. E sugiro começar com máquinas virtuais em linux. Quando você pegar o jeito e já tiver dominando o sistema, aí pode instalar direto na máquina.