Eu salvaria em um Storage, pelo Workload que você falou dessa API, devo chutar que são emitidas entre 80.000 a 200.000 notas fiscais por mês no total, certo? começaria a pensar seriamente em Storages como S3, afinal você é um profissional desenvolvendo um produto sério, e se esse workload escalar para digamos 1, 2, 3 milhões de notas por mês como fica seu banco com esse amontoado de XML? eu ainda tentaria técnicas de Compressão.
Em resposta a Salvar XML no banco de dados ou no storage
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Tem razão.
Tem clientes pequenos que emitem 1 nota a cada 2, 3 meses, outros chegam a mais de 20mil em um mês.
Se for vê no geral, pode acontecer de chegar a 100 mil ou até 1 milhão de notas em um mês.
De fato será mais fácil escalar e pensar no processamento de forma geral trabalhando em um storage.
No próprio S3 tem algumas ferramentas automáticas para classificar os recursos e até mesmo posso colocar em uma classe que não é acessada com muita frequencia para diminuir o custo.