Como tudo nessa área: depende. Tudo depende das variáveis do projeto ou do que você quer fazer.

Soluções híbridas geralmente são uma ótima solução para projetos que precisam de uma aplicação mobile no prazo X com budget Y.

Já soluções nativas possuem aplicações um pouco mais amplas. Você pode, por exemplo, trabalhar com Android embarcado em uma Smart TV, por exemplo.

• Se você desenvolveu aplicativos nativos, quais foram os principais desafios que enfrentou? Valeu a pena o esforço?
  R: não existem grandes desafios. A questão é que existe uma restrição no conhecimento caso você precise ter uma aplicação que rode em mais de um OS, por exemplo.

• Como usuário de aplicativos móveis, você tem alguma preferência entre os dois? Quais características valoriza mais em um aplicativo?
  R: sinceramente, não ligo muito se é híbrido ou mobile, desde que atenda aos requisitos mínimos de usabilidade.

• Além disso, se você tiver alguma dica ou sugestão adicional sobre como lidar com as expectativas no desenvolvimento mobile ou sobre o mercado de trabalho na área, por favor, compartilhe também!
  R: tudo depende do projeto, do cliente, do budget, do prazo e da organização. Se você por exemplo tem um projeto com budget apertado, um projeto que precisa ser desenvolvido para iOS e Android e uma equipe que só tem conhecimento em aplicações web, por exemplo, é muito mais fácil (e possível) que esse projeto seja desenvolvido em alguma tecnologia híbrida (ionic, react native, etc) do que em uma nativa.