Para python a melhor IDE na minha opinião é o Pycharm, de preferência a versão professional.
Não tenho nada do que reclamar dessa IDE e notepad++ é mais para quem usa Windows, então não rola pra mim que uso Linux, mas já usei muito quando estava começando.
Uso Pycharm há quase 8 anos e não pretendo trocar por Vscode por exemplo, sobre o lance de ser pesada e engasgar com arquivos grandes, comigo isso não ocorre, pois busco sempre manter a lógica separadinha em módulos, cada classe com seus atributos nos devidos lugares evitando assim criar arquivos com milhares de linhas.
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Pro Linux você pode usar o Kate (ele é bem parecido com o Notepad++ e ele roda no Windows, Linux e MacOS). O Kate é do projeto KDE :)
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Com certeza na maioria dos casos o Pycharm funciona bem, mas existem alguns projetos que não vai funcionar bem e geralmente são aqueles online onde criar muitos arquivos torna as tarefas de monitoramento de segurança muito dispendiosos(caros), nesses casos criar menos arquivos facilita o gerenciamento de segurança e o monitoramento usando framework para a implementação do Security Content Automation Protocol (SCAP), essencial hoje em dia em projetos on-line sérios, não atoa se usa muito VIN e Nano no Linux, que nada mais é que um notepad++ ainda mais enxuto.