Rapaz, foi um lance simples, apenas descompactei com unzip o que me gerou as pastas com alguns arquivos, alguns dbs e arquivos em texto que continham as informações que eu precisava, não precisei fazer muita coisa.
No caso do executável da extensão que é um servidorzinho em node que roda em background, eu usei o unzip e me gerou um arquivo app.asar aí como já tinha compilado alguns apps electron que geravam esse arquivo, eu apenas fiz o processo de descompactar esse asar, e lá estava tudo que eu queria.
No fim das contas não precisei de muita técnica e sim de um pouco de curiosidade.