E então pessoal? existe uma forma do Git indentificar as alterações dentro da minha pasta de anotações do Obsidian? E como funciona o processo?

Uai, claro que existe.

Para ser sincero, não estou completamente certo do que você está tentando alcançar.

Pelo que entendi, você quer usar o Git para rastrear as alterações em sua pasta de anotações do Obsidian. Neste caso, o processo é bastante direto: basta iniciar um repositório Git na pasta das suas anotações (com git init), adicionar os arquivos ao controle de versão (git add), e fazer commits regulares (git commit) para registrar as mudanças. Se desejar sincronizar com um repositório remoto, é só fazer isso com git push. Isso é basicamente o mesmo processo que você usaria para qualquer outro projeto de código-fonte. Estou perdendo algo aqui?

Sobre como o Git realmente armazena os arquivos: ele cria uma "fotografia" (snapshot) da diferenças no sistema de arquivos. Se você está interessado em entender profundamente como o Git armazena essas versões, uma boa maneira de aprender é executando um git commit através do GDB, como mencionei agora a pouco em outro post.