Sim, usar variáveis arquivos de configuração para habilitar/desabilitar funcionalidades é extremamente comum — e em alguns casos, obrigatório. Na aviação, por exemplo, seguimos o padrão DO-178C, que define Parameter Data Items (PDIs) para gerenciar configurações específicas por variante.

Você pode usar .env, JSON, ou até flags no banco de dados para controlar features por cliente ou instância. O desafio é manter isso organizado, porque configuração mal gerenciada vira um pesadelo de manutenção.

A dica é tratar mudanças de configuração como eventos críticos: versionar, auditar e testar como se o sistema dependesse disso (porque depende).