Fiz uma pesquisa mais a fundo e percebi que não tem uma forma que impossibilite alguém de realizar o crack do binário, mesmo sendo escrito em C++, Rust, Go, ou escrito em bytecode: Java, Python, JavaScript.

O jeito mesmo é fazer isso que o pessoal sugeriu, de obfuscar o código e, também, compilá-lo para bytecode, no caso do Python usando o .pyc ou o PyInstaller que, também, consegue gerar um binário único para usar.

Resolvi o problema utilizando o PyInstaller que me agradou bastante e foi bem simples de usá-lo.