Complicação desnecessária. A validação de CNPJ fica por conta da aplicação. Fazer uma interpretação de dados na hora de ler e escrever é um desperdício a nível de banco, pois você teria que fazer uma interpretação atômica. Nesse caso, mesma solução se aplica, armazena-se em CHAR e utiliza um CRC para otimizar o cálculo de busca.
Respondendo a "vergilSparda, nesse caso do CNPJ Alfanumérico s..." dentro da publicação CPF/CNPJ: estudo de performance em banco de dados, devemos armazenar um inteiro mesmo?
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Verdade! A ideia que perguntei empregando Base64/32 parece-se com aquela invenção do Ra-Tim-Bum para apagar uma vela 8-). Valeu pela crítica, caiquearaujo e pela proposta mais eficiente. O campo com CHAR é nativo e um dos diferentes CRCs funcionaria como se fosse um hash de comprimento relativamente curto.