Eu sigo algo muito parecido com esta aula aqui do https://www.youtube.com/watch?v=-qWySnuoaTM

app
├── init.py
├── models
│ └── user.py
├── ext
│ └── db.py
│ └── auth.py
│ └── config.py
├── blueprints
│ └── auth
│ └── init.py
│ └── routes.py
│ └── views.py
├── static
│ └── css
│ └── js
│ └── img
└── templates
│ └── index.html
└── templates
│ └── test_db.py

Acho muito organizado e deixar separadinho assim deixa muito mais fácil alterar ou remover qualquer coisa depois