Esse caminho é muito legal, eu já estudei muitono git, do mesmo jeito que você fez. Hoje uso os git hooks pra criar paginas html estaticas, uso shell scripts que são executados no computador remoto. A solução acredito ser muito simples. Recomendo continuar estudando: veja o protocolo git, o formato packfile e a libgit2. Isso vai te fazer entender como o git funciona. Boa sorte nessa jornada.