Achei tua pergunta um pouco ampla, então posso ter interpretado mal, mas acho que entendi tua dúvida.
Quando tu cria um container do docker, basicamente é criado uma pasta que é tratada como o / do Linux, o caminho onde se encontra todos os arquivos do sistema. O Docker vê essa pasta como a raiz do sistema e começa a subir o container à partir de lá, com permissões limitadas para apenas poder mexer naquela pasta.

Quando tu copia teus arquivos pra dentro do container, eles são copiados pra essa pasta, e quando o container é derrubado e limpo (docker compose down e docker system prune, por exemplo) os arquivos dentro dessa pasta são excluídos.
Para que isso não aconteça, tu precisa criar um volume e mapear ele para alguma pasta externa ao container.
Por exemplo:

    my-app/
    ├─ backup/
    │  ├─ .gitkeep
    ├─ node_modules/
    ├─ src/
    │  ├─ index.js
    ├─ docker-compose.yml

nesse caso você mapeia a pasta do container para a pasta backup