Faz tempo, mas já utilizava o Eloquent, e de fato dava para perceber que as aplicações feitas com Laravel eram mais rápidas nesse quesito. Os ORMs para Node.js criam uma abstração a mais entre o Node e o banco, gerando várias operações para uma consulta simples, e é por isso que deixa as consultas lentas.

Não sei como é no php.