Acredito que não vale a pena pensar em mudar de SO neste momento, até porque tudo que você vai fazer neste momento em um, você consegue fazer no outro. Foca em aprender bem as bases do que você já está estudando (JS, HTML e CSS3) e posteriormente você decide se vale ou não a pena seguir para o Linux.
Mudar para o Linux nesse momento, você só vai trazer mais um item a estudar. Tentar aprender tudo de uma vez pode ser um pouco frustrante por não conseguirmos evoluir na velocidade que a gente gostaria. Eu no seu caso, focaria na base e deixaria o Linux pra outro momento.