No caso, se o ataque estiver diretamente para o IP de seu server, não está passando pela cloudflare. Você poderia bloquear tráfego que não viesse dos IPs da cloudflare. Tive um problema similar a alguns anos, e devido ao fato de não ter mais recebido reclamações deste meu ex-cliente, parece ter funcionado...
As faixas de ip da Cloudflare você confere aqui: https://www.cloudflare.com/ips/