Concordo com os demais que dizem que a linha de comando, no fim das contas, ainda é a melhor opção.
Eu até entendo o apelo desses clients que dão uma forma mais visual de fazer as coisas, e até já tentei usar alguns, mas não me adaptei. No fim, a linha de comando acaba sendo o mais rápido e prático mesmo.
O único porém é que a curva de aprendizado - pelo menos pra mim - não foi nada suave. Comecei só decorando uns comandos básicos, mas sem saber muito bem os detalhes de cada um ("faz assim que funciona"). Só depois de um tempo comecei a entender de fato as entranhas de um repositório, e como cada comando manipula essas estruturas.
Foi um caminho relativamente longo, mas valeu a pena, pois hoje uso a linha de comando naturalmente e consigo visualizar o que estou fazendo com o repositório sem problemas.