Tente entrar em contato com o suporte.
Comigo aconteceu algo semelhante, não foi no GitHub, mas na Steam, um hacker supostamente russo conseguiu entrar na minha conta e alterar o e-mail para o dele e também a senha.
Então conversando com o suporte comprovei que a conta era minha, passando as diversas senhas que eu já havia usado na conta, então me deram um link onde consegui resetar e-mail e senha, então ativei autenticação de 2 fatores e nunca mais tive problemas.