Procure por Fintechs elas são especializadas em meios de pagamentos.
Você pode se cadastrar gratuitamente no Mercado Pago, por exemplo, eles auxiliam na integração com o seu aplicativo, acho que durante a fase de testes você não paga nada.
Essas Fintechs possuem APIs prontas para as mais diversas linguagens como PHP, Java, C#, etc.
A Cobre Bem e Pagseguro também são ótimas opções.
Existem softwares de e-commerce que implementam meios de pagamento também. Como:

• Magento
• Joomla + VirtueMart
• osCommerce Online Merchant
• PrestaShop
• Zen Cart
• OpenCart
• WordPress + WooCommerce
• WordPress + e-Commerce
  Claro, esses últimos, não possuem maquininha, mas dão soluções para boleto, PIX, cartão de crédito, etc.