O problema ocorre quando você não trabalha sozinho.
Se está sozinho vai no CSS puro mesmo.
Se for trabalhar com mais pessoas, é ótimo e produtivo que todos saibam Bootstrap.
Caso contrário, é complicado, a todo momento cada tem que analisar o CSS do outro para saber o que faz.
Tem outras vantagens como trocar o tema de forma fácil, etc.