Contabilidade PJ

A parte legal do PJ eu recomendo fazer com a Contabilizei. Uso eles há 1 ano e não tive nenhuma dor de cabeça. Além de estarem sempre disponíveis pra tirar dúvidas.

Salário Líquido

No mais, foi como o @guicarvalho falou.
Recebo o salário na conta PJ, efetuo o pagamento dos impostos devidos e o que sobra é o salário líquido que transfiro pra minha conta pessoal.

Organização Pessoal

A organização das contas pessoais você consegue fazer com um app ou em um Excel. Eu atualmente consolido as contas de casa em um Excel com aluguel, condomínio, luz, gás, etc... e todo o resto de consumo eu uso um cartão de crédito. Assim consigo acompanhar ao longo do mês quanto já consumi.

Investimento

O investimento (caso possível) precisa acontecer após o pagamento das contas ou junto a eles. Se você pagar todas as contas e deixar o dinheiro parado, provavelmente vai gastar. Então se você recebe 5k, paga 3k de conta e pretende juntar 500 por mês, assim que pagar as contas já bota os 500 na aplicação e deixa os 1500 restantes pra gastar. Caso contrário você com certeza vai gastar os 2k(ou mais) no cartão e nunca vai conseguir começar a juntar.