Acredito que esse link possa te ajudar a deixar genérico nas entidades de soft delete. Por ese site, você encontra várias outras dúvidas sobre o Spring.
Respondendo a "Sim, eu consigo fazer uma query filtrando os ex..." dentro da publicação Dúvida: Devo ou não continuar meu projeto com a linguagem que escolhi ?
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Obrigado pelo link, pelo visto não há muitas saídas mesmo