O express tem o motivo de ser um framework que não é opinativo na minha visão, ou seja, você constrói da forma e organiza que mais convém para o projeto.
Existem outros frameworks como NestJS que possui uma CLI que possui algumas facilidades como bibliotecas que conectam ao banco, fazem autenticação etc... mas tudo isso é abstraído pelo framework.
Creio que se a pessoa é nova e não tem conhecimento como funcionam as coisas por baixo dos panos, acho que seja interessante iniciar pelo express, ter a compreensão de como funcionam as coisas etc... e depois ir migrando para algum outro framework como NestJS ou Addonis que facilitam e deixam de forma mais rápida.