Sobre notas fiscais, eu recomendaria utilizar algo prontoTecnoSpeed, tem outros no mercado mas de cabeça lembro apenas dele... Porém há um custo para emitir por eles, tendo em vista se você quiser deduzir esse custo, você terá que mirar em alguma cidade que deseja rodar o seu ERP primariamente, pois cada cidade tem um leiaute de integração e geralmente são bem diferentes, por isso a facilidade e a recomendação de contratar um serviço de fora... pq eles ficam antenados nos portais das cidades que eles atendem para ver se houve alguma mudança na api da prefeitura por exemplo...
Sobre meios de pagamentos eu utilizei o ASAAS e sempre foi bem tranquilo, lá possui tudo que necessitei, por exemplo cartão de crédito, split de pagamento, boletos etc...

Acho que é isso e boa sorte :D