Pensando em cenário nacional, C# tem bastante vagas, porém pensando em nível internacional não há tantas vagas para c#, claro que existem, porém é uma maioria de Java.
Enfim, tem bastante empresa do ramo financeiro usando C# (XP, Banco BTG, etc...) todos usam .net como linguagem core, acho que há mercado para ambas, teria que ver qual vc se sente mais confortável