Trabalho com desenvolvimento usando .net fazem alguns anos, bom afim de aprendizado acho que você não deverá encontrar muitos problemas, afinal você estará criando um sistema novo e irá utilizar .net core que roda no linux sem mais problemas.
Bom porém quando você chega ao mercado, encontramos alguns dinossauros construídos, temos aplicações que rodam com windows service por exemplo, sistemas bancários que rodam em .net framework 4.5 (que roda só no windows), mas pode ser que você só tenha contato com soluções novas que já utilizam .net core, então poderia estar mais familiarizado.

Acho que pra fins de estudo não há problemas, porém te adianto que talvez no mundo das empresas pode ser que você tenha que ter um dual boot para essas aplicações que necessitam do windows :)

Eu recomendaria talvez você considerar o Rider (Produto da Jetbrains) que roda tanto no windows quanto no linux, então você estaria familiarizado nos dois SO com sua principal ferramenta de trabalho ;)

Valeu!