Cara, é achismo meu, mas acho que depende do tipo de pessoa que você quer chamar a atenção. Algumas empresas, principalmente as pequenas e startups, costumam ser mais abertas e abraçam esse tipo de informalidade. Empresas maiores, que costumam ser mais formais e rígidas, podem não ver isso da mesma forma.
Admito que não fiz isso pensando em como isso poderia afetar a minha imagem com empregadores, mas o meu perfil do GitHub é só o apelido que eu uso na internet inteira com o Snake do Metal Gear usando um capacete de galinha como avatar.
(mas agora eu fiquei um pouco preocupado)