Não é totalmente idêntico em funcionalidades, mas o Logseq é open source e parece ser uma boa alternativa ao Obsidian. A sincronização online (usando o próprio programa) é paga - igualmente ao Obsidian -, mas você pode realizar a sincronia automaticamente salvando num diretório compartilhado no seu sistema operacional ou, ainda, via RSync ou RClone, por exemplo, a depender da sua preferência.