Aparentemente tu é iniciante, sendo assim o melhor a se fazer é fazer de qualquer jeito e depois vai arrumando no caminho.

Estruturas de pasta é mais algo humano do que para maquina, pois no fim tudo vai ser compilado, tendo isso em mente o mais importante é o codigo esta rodando.

Caso um erro aconteça, aprenda o porque aconteceu e como poderia/pode ser resolvido, provavelmente esse não vai ser o primeiro projeto da sua vida e nem vai ser um projeto perfeito.

De inicio só faz, faz de qualquer jeito mesmo, com o tempo vai vir as nescecidades de melhorar