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Duvidas sobre API restFull

Tenho muitas dúvidas de como criar minha API, hoje tenho uma grade demanda para criar uma API para uso interno na empresa e como só existe eu como desenvolvedor aqui sempre tenho dúvidas, qual a maneira correta de se estrutar pastas, eu sei que as definições de pastas é apenas um ponto em um projeto, mas preciso achar algo que eu consiga me achar quando a aplicação estiver em grande escala. Essa aplicação seria em NodeJs, express e Knexjs para uso de migrations no Oracle.
Hoje ela está assim:
src
@types
controllers
database
middlewares
modules
repository
routes
usecases
server.ts

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Fala Rafael, tudo certo?

Entendo suas preocupações, estruturar bem o projeto desde o início pode economizar muito tempo e esforço no futuro, especialmente quando a aplicação cresce. Vi recentemente um conteúdo aqui no tabnews que achei bem interessante e pode tambem te ajudar: Meu guia para Design de APIs

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Vou te falar como uma pessoa que está començando do mais começado começo.

Pelo menos pra mim ta funcionando o seguinte: você pensa, planeja e aplica uma forma de fazer com aquilo que você tem em mãos agora (ainda mais se for de trampo) e depois quando as dores começam a aparecer, você busca alternativas.

Digo, pq eu particularmente sempre procurei o "melhor jeito" ou o "jeito perfeito" de fazer as coisas, mas as vezes mesmo fazendo não via "sentido", ou simplesmente não conseguia entender que do aquilo estava resolvendo.

E não falo só em questão de estrutura de projeto, mas acho que tudo que engloba Desenvolvimento (e quiçá até na vida).

Esses dias revi um arquivo antigo de quando comecei a estudar programação e vi várias variáveis declaradas como "a", "b", "c", e só digo: c a r a . . . . kkkkkkk

é muito bom olhar pra trás e ver sua evolução e melhor ainda ter expectativa de no futuro continuar fazendo isso.