Executando verificação de segurança...
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A pergunta principal é:

Porqyue colcoar o ambiente de dev junto com o de produção? existe algum motivo de ele estar em um servidor e não na sua máquina local?

como vocês organizam isso?

Cada ambiente em um ou mais servidores diferentes

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Hoje eu preciso por conta para exibição de clientes e testes fechados, chamei de dev mas ta mais para um homolog.

Sobre a máquina, acabo só tendo uma e por isso achei prudente dividir os dois ambientes lá, talvez não seja o ideal então.

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nesse caso eu faria algo assim:

/services
    /nginx
    /mysql
    docker-compose.yml
    
/dev
    projeto
    docker-compose.yml
    
/prod
    projeto
    docker-compose.yml