Seu post está uma salada de frutas de tecnologia que não dá pra sequer entender sua proposta.

Primeiro as afirmativas incorretas:

Frameworks PHP como Laravel, Symfony, CodeIgniter e Yii oferecem estruturas nativas para a criação de aplicações web. Esses frameworks adotam o padrão arquitetural Model-View-Controller (MVC).

Diferentemente dos frameworks PHP com MVC, React e Node não possuem uma estrutura de arquitetura definida como padrão.

Nesse momento você está comparando Framework com linguagem, com front-end

Laravel possui uma forte estrutura de pastas, node não, mas pera, Laravel vs Node? Framework vs Plataforma? Node deveria estar sendo comparado diretamente com o PHP puro, e este também não tem uma estrutura definida de pastas!

Você pode escrever uma aplicação inteira em Node em um arquivo só, da mesma forma que pode escrever uma aplicação inteira em PHP em um único arquivo.

A comparação correta seria o Laravel com o NestJS ou o AdonisJS. Caso for fazer essa comparação ambos vão ter uma arquitetura de pastas definidas.

Enquanto os frameworks PHP, com o padrão MVC, oferecem uma estrutura bem definida por padrão, as aplicações desenvolvidas com React e Node requerem que a arquitetura seja construída pelo próprio desenvolvedor.

O que impede o PHP ser usado para criar uma API e usar React + PHP? O que impede de instalar uma Template Engine como o Jade no Node e usar ele para renderizar o HTML sem precisar de uma lib Front-End?

mas será que existe alguma biblioteca ou framework baseada em javaScript que utilize a arquitetura MVC de forma nativa? Sim! A exemplo do Angular.js, Vue.js, [...]

Angular e Vue como MVC de forma nativa? Como?

Se tua aplicação com uma Lib front-end está acessando o banco de dados para ter Model, ou ter lógica back-end com controllers alguma coisa está muito errada.

Comparações Ilógicas

Acredito que se for pra fazer um post de comparações pelo menos que sejam coisas semelhantes.

Node puro com PHP puro.

Framework Node com Framework PHP.

Biblioteca Front-end no seu devido lugar -> até porque dá pra usar React, Vue, Angular em qualquer back-end, seja Node, PHP, Java, Go, shell script.