com vários endpoints dentro de um mesmo módulo. No início, manter tudo dentro de um único service
Acredito que aqui esteja a raiz do problema.
O problema não está em usar services mas em como você usava isso.
Em resposta a Troquei Services por Actions no Laravel
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Também não vejo problema em usar Services, mas no projeto em questão, tive um estalo de trocar por Actions porque se tratava de um fluxo complexo de atendimento. Cada etapa ocorria em momentos diferentes, alterando ou complementando partes dos dados do modelo/registro, o que exigia endpoints distintos para cada fase do processo.
Atualmente, acho mais conveniente usar Actions.