Quanndo não tinha muita familiaridade com o docker eu sempre usava bind-mount na pasta /var/www. Quando trocava qualquer coisa do servidor copiava a pasta inteira e todos os dados estavam seguros.

Por questões de performance troquei um banco de dados para usar volumes. Copiei a pasta /var/www e esqueci de copiar os volumes.

Era um bom banco de dados.